Авиакомпания планировала приобрести к началу весенне-летней навигации от трех до пяти воздушных судов Bombardier CRJ-200, срок эксплуатации которых около 12 лет. Планы нарушило постановление правительства, которое ограничило ввоз в Россию импортных самолетов старше десяти лет.
По словам генерального директора «Томск Авиа» Виктора Марьенкина, воздушные суда, подходящие под новые требования, на рынке найти сложно. Однако от планов по обновлению флота компания не отказывается, омтечает «АвиаПорт». Парк компании состоит из Ан-24, Ан-26 и Ми-8Т.